Це один із найстаріших музеїв України. Офіційною датою його відкриття вважається 15 (28) грудня 1913 року, хоча історія самого музею починається ще в 1804-1806 роках, коли при Депо карт у Миколаєві був створений кабінет рідкостей.

Сьогодні він є значним музейним об’єднанням, до складу якого входять ще чотири музеї міста та області.

Загальна кількість основного фонду музею налічує більш 160 тис. одиниць збереження, що включає в себе унікальні колекції предметів археології та етнографії, зброї та стародруків, документальних джерел та пам’яток природи.

Музей та його науковці відомі далеко за межами України.

З 1995 року на його базі проводиться науково-краєз-навча конференція “Істо- рія. Етнографія. Культура. Нові дослідження”, яка збирає довкола себе науковців різного профілю як з України, так і з-за кордону.