Музей було створено й відкрито на правах відділу Миколаївського обласного краєзнавчого музею в 1978 році.

Сьогодні це єдиний музей суднобудування і флоту в державі.

Розташований у старовинному будинку – пам’ятці архітектури національного значення, який побудований за проектом архітектора П. Неєлова наприкінці XVIII ст. Протягом 1794-1900 рр. будинок слугував помешканням та канцелярією головних командирів Чорноморського флоту.

Музей є лауреатом Всеукраїнських музейних фестивалів і постійним учасником між-народних виставок із судно-будування та водного транспорту.

На його базі вже двічі проводилися Всеукраїнські змагання по судномодельному спорту (2007 та 2009 роках).

Це єдиний із музеїв України, який був включений до книги «100 великих музеїв світу».